Depuis certains craignent la possibilité de fuites de données comme l'envoi potentiel des recherches à un serveur internet. Pourtant la version 2 se veut plus sûre, Google lui ayant même adjoint une fonction d'encryptage de l'index et la possibilité lorsqu'un même PC est utilisé par plusieurs personnes de restreindre l'accès aux recherches par compte d'utilisateurs (le compte utilisateur Windows Jean ne pourra pas chercher les données du compte utilisateur Pierre et vice versa). C'est bien sauf que ceci ne concerne apparement que Windows XP. Google a également revu l'indexation des pages web sécurisés en désactivant par défaut les pages HTTPS. Mais malgré les efforts conssentis par Google, les analystes recommandent de n'installer Google Desktop 2 que dans un environnement entreprise au cas par cas et en fonction des profils de risque de l'activité du poste concerné.
