Le monde d'Anno 1503 sera divisé en 5 îles et chacune d'elle disposera de ressources spécifiques. De ce fait les populations de certaines seront contraintes de faire du commerce pour récupérer ces autres produits. Les échanges pourront se faire par voie terrestre ou maritime et des lignes de commerce pourront être mises en place.
Entre les neuf peuples du jeu, le commerce jouera donc un rôle somme toute important et pour éviter tout malentendu il sera préférable de passer des accords commerciaux. A noter qu'il sera également possible de commercer avec les pirates, avec tout les risques que cela comporte...